Les principaux monuments et ensembles architecturaux du site archéologique de Gournia sont les suivants :
La ville non fortifiée s’étendait sur les pentes d’une basse colline. Deux voies périphériques pavées, croisées par des rues perpendiculaires souvent en pente et reliées à un réseau d’égouts, structuraient des îlots d’habitation, dont sept ont été mis au jour. Les maisons à deux étages (les plus grandes mesurant environ 5 × 5 m) partageaient des murs extérieurs communs. Aujourd’hui, subsistent principalement les espaces de stockage et les ateliers du rez-de-chaussée ainsi que les sous-sols, accessibles par des escaliers en bois depuis l’étage. L’étage supérieur, où se trouvaient les espaces de vie principaux, était accessible directement depuis la rue. Les murs inférieurs étaient en pierre, tandis que l’étage était construit en briques de terre crue.
Gournia offre une image de la vie quotidienne des Minoens, qui pratiquaient l’agriculture, l’élevage, la pêche, la poterie et le tissage, comme en témoignent les outils découverts (ciseaux, hameçons, marteaux, etc.). Les fouilles ont également mis au jour des vases plus luxueux, tels que des rhytons et des récipients rituels.
Le palais — siège d’un dirigeant local — se trouve au sommet de la colline, à l’ouest d’une cour rectangulaire donnant accès à plusieurs habitations privées. Il constituait probablement le centre, et peut-être aussi le marché, de l’agglomération. Une série de gradins en forme de Γ est adossée à la face sud du palais, tournée vers la cour. Ils auraient servi de places pour les spectateurs assistant à des manifestations à caractère religieux, constituant ainsi un espace théâtral rudimentaire.
Derrière cet escalier se trouve une petite pièce dont le sol est recouvert d’une dalle percée de trous, interprétée comme une plateforme de sacrifice de taureau. À côté se trouve un « kernos », petite pierre à cavités destinée aux offrandes. Le côté ouest du palais, donnant sur une petite cour pavée, présentait un aspect monumental avec des niches décoratives, une porte centrale et des fenêtres aujourd’hui disparues.
L’intérieur du palais est mal conservé, mais il comprenait plusieurs salles officielles ainsi que des espaces de stockage au-dessus desquels se trouvaient probablement de grandes pièces. La salle centrale était séparée de la cour principale par une colonnade de colonnes en bois rondes alternant avec des piliers en pierre carrés. Au nord du palais, et indépendamment de celui-ci, se trouve un petit sanctuaire public dédié à la déesse minoenne aux serpents, accessible par une impasse. Il s’agit d’une pièce carrée (3 × 4 m) avec un banc au sud pour déposer les objets cultuels, dont certains ont été mis au jour lors des fouilles : figurines en terre cuite de la déesse aux bras levés, autel tripode et tubes à serpents.