Bland de viktigaste samlingarna finns gravgåvorna från den tidigminoiskа begravningsplatsen i Agia Fotia nära Sitia (3000–2300 f.Kr.), som visas i den första salen, samt fynden från palatset i Malia, vilka upptäcktes genom den Franska arkeologiska skolans utgrävningar och presenteras i den fjärde salen. Museet rymmer samlingar av mycket betydelsefulla arkeologiska fynd från hela östra Kreta, ett område som sträcker sig från Malia till det avlägsna Zakros. Museets mest berömda föremål, ”Gudinnan från Myrtos”, är ett enastående libationskärl från den tidigminoiska perioden IIb. Kärlet är utformat som en stiliserad gudinna med ett mycket litet huvud ovanpå en hög och smal hals samt en klockformad kropp. Med sin högra hand håller hon, samtidigt som hon med den vänstra armen omfamnar, en liten kanna med pip. Denna kanna utgjorde den enda öppningen genom vilken vätskan kunde rinna ut från kärlets inre.