Tot de belangrijkste collecties behoren de grafgiften uit de Vroeg-Minoïsche begraafplaats van Agia Fotia, nabij Sitia (3000–2300 v.Chr.), die in de eerste zaal worden tentoongesteld, evenals de vondsten uit het paleis van Malia, die aan het licht werden gebracht door de opgravingen van de Franse Archeologische School en in de vierde zaal worden gepresenteerd. Het museum herbergt verzamelingen van zeer belangrijke archeologische vondsten uit heel Oost-Kreta, een gebied dat zich uitstrekt van Malia tot het verre Zakros. Het beroemdste object van het museum, de “Godin van Myrtos”, is een uitzonderlijk plengvat uit de Vroeg-Minoïsche periode IIb. Het vat heeft de vorm van een gestileerde godin met een zeer klein hoofd op een lange, slanke hals en een klokvormig lichaam. Met haar rechterhand houdt zij een kleine schenkkruik met tuit vast, terwijl zij deze met haar linkerarm omarmt. Deze kruik vormde de enige opening waardoor vloeistof uit het binnenste van het rituele vat naar buiten kon stromen.