Entre los conjuntos más importantes destacan los ajuares funerarios procedentes de la necrópolis minoica temprana de Agia Fotia, cerca de Sitia (3000–2300 a. C.), expuestos en la primera sala, así como los hallazgos del Palacio de Malia, sacados a la luz por las investigaciones de la Escuela Francesa de Arqueología y presentados en la cuarta sala. El museo alberga colecciones de hallazgos arqueológicos de extraordinaria importancia procedentes de toda la parte oriental de Creta, una región que se extiende desde Malia hasta la lejana Zakros. La pieza más famosa del museo, la «Diosa de Myrtos», es un magnífico vaso de libaciones perteneciente al período Minoico Antiguo IIb. Representa a una diosa estilizada con una cabeza muy pequeña situada sobre un cuello alto y esbelto y un cuerpo en forma de campana. Con la mano derecha sostiene y con el brazo izquierdo abraza una pequeña jarra de pico vertedor, que constituía la única salida del líquido contenido en el interior del vaso ritual.