Zu den bedeutendsten Fundkomplexen zählen die Grabbeigaben aus dem frühminoischen Gräberfeld von Agia Fotia bei Sitia (3000–2300 v. Chr.), die im ersten Saal ausgestellt sind, sowie die Funde aus dem Palast von Malia, die durch die Forschungen der Französischen Archäologischen Schule ans Licht kamen und im vierten Saal präsentiert werden. Das Museum beherbergt Sammlungen von außerordentlich wichtigen archäologischen Funden aus ganz Ostkreta, einer Region, die sich von Malia bis zum weit entfernten Zakros erstreckt. Das berühmteste Ausstellungsstück des Museums, die „Göttin von Myrtos“, ist ein hervorragendes Libationsgefäß aus der frühminoischen Periode IIb. Es stellt eine stilisierte Göttin mit einem sehr kleinen Kopf auf einem hohen, schlanken Hals sowie einem glockenförmigen Körper dar. Mit ihrer rechten Hand hält sie eine kleine Schnabelkanne, während sie diese gleichzeitig mit dem linken Arm umfasst. Die Kanne bildete den einzigen Ausguss für die Flüssigkeit im Inneren des Kultgefäßes.