Tra i complessi più importanti figurano i corredi funerari provenienti dalla necropoli protominoica di Agia Fotia, vicino a Sitia (3000–2300 a.C.), esposti nella prima sala, e i reperti provenienti dal Palazzo di Malia, portati alla luce dalle ricerche della Scuola Archeologica Francese e presentati nella quarta sala. Il museo ospita collezioni di straordinaria importanza archeologica provenienti da tutta la Creta orientale, una regione che si estende da Malia fino alla lontana Zakros. L’oggetto più celebre del museo, la “Dea di Myrtos”, è uno splendido vaso per libagioni risalente al periodo Minoico Antico IIb. Rappresenta una dea stilizzata con una testa molto piccola posta su un collo alto e sottile e un corpo a forma di campana. Con la mano destra tiene e con il braccio sinistro abbraccia una piccola brocca a becco, che costituisce l’unica apertura attraverso la quale fuoriusciva il liquido contenuto all’interno del vaso rituale.