Zu den wichtigsten Sammlungen gehören die Grabbeigaben aus dem frühminoischen Friedhof von Agia Fotia bei Sitia (3000–2300 v. Chr.) im ersten Saal sowie die Funde aus dem Palast von Malia, die durch die Ausgrabungen der Französischen Archäologischen Schule ans Licht kamen und im vierten Saal ausgestellt sind. Das Museum beherbergt bedeutende archäologische Sammlungen aus ganz Ostkreta, einer Region, die sich von Malia bis zum entfernten Zakros erstreckt. Das bekannteste Ausstellungsstück des Museums, die „Göttin von Myrtos“, ist ein außergewöhnliches Libationsgefäß aus der EM-IIb-Periode. Es stellt eine stilisierte Göttin mit sehr kleinem Kopf auf einem langen, schlanken Hals und einem glockenförmigen Körper dar. Mit der rechten Hand hält sie und mit der linken umarmt sie eine kleine Schnabelkanne, die als einziger Ausguss für die Flüssigkeit im Inneren des Gefäßes diente.