Наиболее крупными и значительными коллекциями являются погребальные дары из раннеминойского некрополя Агия-Фотия близ Ситии (3000–2300 гг. до н. э.), представленные в первом зале, а также находки из дворца Малии, обнаруженные в ходе исследований Французской археологической школы и экспонируемые в четвёртом зале музея. Музей хранит коллекции исключительно важных археологических находок со всей территории Восточного Крита — региона, простирающегося от Малии до далёкого Закроса. Самым известным экспонатом музея является «Богиня из Миртоса» — великолепный ритуальный сосуд для возлияний периода Раннеминойской эпохи IIb. Он выполнен в форме стилизованного женского божества с очень маленькой головой, расположенной на длинной тонкой шее, и колоколообразным туловищем. Правой рукой фигура держит, а левой обнимает небольшой кувшин с носиком, который служил единственным отверстием для выхода жидкости из внутренней части ритуального сосуда.