Do najważniejszych zespołów zabytków należą dary grobowe z wczesnominojskiej nekropolii Agia Fotia koło Sitii (3000–2300 p.n.e.), prezentowane w pierwszej sali, oraz znaleziska z pałacu w Malii, odkryte podczas badań Francuskiej Szkoły Archeologicznej i wystawione w czwartej sali muzeum. Muzeum przechowuje kolekcje niezwykle ważnych znalezisk archeologicznych pochodzących z całej wschodniej Krety, regionu rozciągającego się od Malii aż po odległe Zakros. Najsłynniejszym eksponatem muzeum jest „Bogini z Myrtos” – wyjątkowe naczynie libacyjne z okresu wczesnominojskiego IIb. Przedstawia ono stylizowaną boginię o bardzo małej głowie osadzonej na wysokiej, smukłej szyi oraz dzwonowatym korpusie. Prawą ręką trzyma, a lewym ramieniem obejmuje niewielki dzbanek z dziobkowatym wylewem, który stanowił jedyne ujście płynu znajdującego się wewnątrz rytualnego naczynia.