בין האוספים החשובים ביותר נמנים מנחות הקבורה מבית הקברות המינואי הקדום של אגיה פוטיה, סמוך לסיטיה (3000–2300 לפנה״ס), המוצגות באולם הראשון, וכן הממצאים מארמון מאליה, שנחשפו במסגרת מחקרי בית הספר הצרפתי לארכאולוגיה ומוצגים באולם הרביעי. המוזיאון מאכלס אוספים בעלי חשיבות ארכאולוגית רבה מכל רחבי מזרח כרתים, אזור המשתרע ממאליה ועד לאתר המרוחק זאקרוס. המוצג המפורסם ביותר במוזיאון, „אלת מירטוס”, הוא כלי פולחני יוצא דופן לנסכים מן התקופה המינואית הקדומה IIb. הכלי מעוצב בדמות אלה מסוגננת בעלת ראש קטן מאוד, צוואר גבוה ודק וגוף בצורת פעמון. בידה הימנית היא אוחזת, ובזרועה השמאלית מחבקת, כד קטן בעל פייה דמוית מקור, אשר שימש כמוצא היחיד לנוזל שהיה בתוך הכלי הפולחני.