Blandt de vigtigste samlinger er gravgaverne fra den tidligt minoiske gravplads i Agia Fotia nær Sitia (3000–2300 f.Kr.), som udstilles i den første sal, samt fundene fra paladset i Malia, der blev afdækket gennem undersøgelser udført af den Franske Arkæologiske Skole og præsenteres i den fjerde sal. Museet rummer samlinger af særdeles betydningsfulde arkæologiske fund fra hele det østlige Kreta, et område der strækker sig fra Malia til det fjerntliggende Zakros. Museets mest berømte genstand, „Gudinden fra Myrtos“, er et enestående libationskar fra den tidligt minoiske periode IIb. Det er udformet som en stiliseret gudinde med et meget lille hoved på en høj og slank hals samt en klokkeformet krop. Med højre hånd holder hun, mens hun med venstre arm omfavner, en lille kande med tud, som fungerede som den eneste udløbsåbning for væsken inde i det rituelle kar.