Στα χριστιανικά χρόνια, το ανατολικό τμήμα του Ιερού μετατράπηκε σε παρεκκλήσι αφιερωμένο στον Άγιο Αθανάσιο, από το οποίο σήμερα διατηρούνται ίχνη τοιχογραφιών στις κόγχες. To μεσαίο σπήλαιο, το οποίο χρονολογείται τον 5ο αι. π.Χ. αποδίδεται στο Δία, με βάση τις ερμηνείες του Θουκυδίδη και του Στράβωνα. Το τελευταίο προς τα δυτικά σπήλαιο, αυτό του Απόλλωνα Υποακραίου, ήταν πιθανότατα σε χρήση από το 13ο αι. π.Χ. και συνδέεται άμεσα με τους γενεαλογικούς μύθους σχετικά με την αυτοχθονία των Αθηναίων. Εδώ, σύμφωνα με την παράδοση, ο Απόλλωνας ενώθηκε με την κόρη του Ερεχθέα, Κρέουσα. Από τη συνεύρεση αυτή γεννήθηκε ο Ίων, ο γενάρχης των Αθηναίων. Το ιερό ταυτίστηκε ύστερα από την εύρεση μαρμάρινων ενεπίγραφων αναθηματικών πλακών. Σε μία από τις κόγχες του βράχου είναι ορατή επιγραφή του 3ου αι. μ.Χ. Άρχων Ερρένιος Δέξιππος. Μία κοιλότητα δυτικότερα των σπηλαίων με λαξευμένη επιφάνεια σε μορφή εξέδρας χρησιμοποιούνταν ως χώρος θέασης της πορείας της πομπής των Παναθηναίων.