En la ladera noroeste del peñasco de la Acrópolis se alzan tres aperturas con forma de cueva, dedicadas al culto de Pan, Zeus y Apolo. La cueva oriental estaba consagrada al dios Pan. Según la tradición, Pan ayudó a los griegos a ganar la batalla de Maratón en 490 a.C., sembrando el miedo y el pánico entre los enemigos. Los atenienses mostraron su gratitud estableciendo su culto en la ciudad. El santuario era de tres partes, con nichos tallados en la roca para recibir ofrendas. La identificación del santuario se basa en los testimonios de Eurípides y Pausanias, así como en el hallazgo de un relieve votivo en el lugar, actualmente conservado en el Museo Arqueológico Nacional, que muestra al dios sentado en una roca tocando la siringa, mientras delante de él se encuentra una figura vestida. En la época cristiana, la parte oriental del santuario se convirtió en una capilla dedicada a San Atanasio, de la cual aún se conservan restos de frescos en los nichos. La cueva central, fechada en el siglo V a.C., se atribuye a Zeus según las interpretaciones de Tucídides y Estrabón. La cueva más occidental, la de Apolo Hipacrio, probablemente estuvo en uso desde el siglo XIII a.C. y está directamente relacionada con los mitos genealógicos sobre la autoctonía de los atenienses. Según la tradición, Apolo se unió aquí con Creusa, hija de Erecteo, y de esta unión nació Jon, el antepasado de los atenienses. El santuario fue identificado gracias al hallazgo de placas votivas de mármol con inscripciones. En uno de los nichos de la roca se puede ver una inscripción del siglo III d.C.: Arconte Errenios Dexippos. Una cavidad algo más al oeste de las cuevas, con una superficie tallada en forma de plataforma, se utilizaba como lugar para observar el desfile de las Panateneas.

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