Müzenin en önemli koleksiyonları arasında, ilk salonda sergilenen Sitia yakınlarındaki Agia Fotia Erken Minos mezarlığından (MÖ 3000–2300) gelen mezar hediyeleri ile Fransız Arkeoloji Okulu’nun araştırmaları sonucunda gün ışığına çıkarılan ve dördüncü salonda sergilenen Malia Sarayı buluntuları yer almaktadır. Müze, Malia’dan uzak Zakros’a kadar uzanan Doğu Girit bölgesinin tamamından gelen son derece önemli arkeolojik eser koleksiyonlarına ev sahipliği yapmaktadır. Müzenin en ünlü eseri olan “Myrtos Tanrıçası”, Erken Minos IIb dönemine ait olağanüstü bir libasyon (adak sıvısı sunma) kabıdır. Eser, uzun ve ince bir boyun üzerinde yer alan çok küçük bir başa ve çan biçimli bir gövdeye sahip stilize edilmiş bir tanrıça şeklindedir. Tanrıça sağ eliyle küçük gagamsı ağızlı bir testiyi tutarken, sol koluyla da onu kucaklamaktadır. Bu testi, ritüel kabın içindeki sıvının dışarı çıkmasını sağlayan tek açıklığı oluşturmaktadır.