Zu den wichtigsten Fundkomplexen gehören die Grabbeigaben aus dem frühminoischen Gräberfeld von Agia Fotia bei Sitia (3000–2300 v. Chr.), die im ersten Ausstellungssaal präsentiert werden, sowie die Funde aus dem Palast von Malia, die durch die Forschungen der Französischen Archäologischen Schule freigelegt wurden und im vierten Saal ausgestellt sind. Das Museum beherbergt Sammlungen von ausserordentlich bedeutenden archäologischen Funden aus ganz Ostkreta, einer Region, die sich von Malia bis zum weit entfernten Zakros erstreckt. Das bekannteste Ausstellungsstück des Museums, die „Göttin von Myrtos“, ist ein herausragendes Libationsgefäss aus der frühminoischen Periode IIb. Es zeigt eine stilisierte Göttin mit einem sehr kleinen Kopf auf einem hohen, schlanken Hals und einem glockenförmigen Körper. Mit der rechten Hand hält sie eine kleine Schnabelkanne, während sie diese gleichzeitig mit dem linken Arm umschliesst. Diese Kanne bildete den einzigen Ausguss für die Flüssigkeit im Inneren des Kultgefässes.