Μπροστά ανοίγονται οι αίθουσες των εκθεμάτων. Ο επισκέπτης προχωρά προς αριστερά κι ακολουθώντας πορεία φοράς του ρολογιού, παρακολουθεί τα εκθέματα κατά ανασκαφικά σύνολα και κατά χρονολογική σειρά. Στην πρώτη αίθουσα εκτίθενται κτερίσματα που βρέθηκαν το 1971 στο παραθαλάσσιο νεκροταφείο της Αγίας Φωτιάς. Το νεκροταφείο αυτό, το μεγαλύτερο σε αριθμό τάφων της προϊστορικής Κρήτης κι ένα από τα μεγαλύτερα της Ελλάδας, είχε τουλάχιστον 260 τάφους με πάνω από 1.600 αγγεία, μερικά χάλκινα εγχειρίδια και πολλές λεπίδες οψιανού (3.000-2.300 π.Χ.). Τα αγγεία καμωμένα χωρίς τη βοήθεια κεραμεικού τροχού ακολουθούν διάφορα σχήματα και μαρτυρούν τόσο σχέσεις και επιρροές ενδοκρητικές (κυρίως με την κεντρική Κρήτη), όσο και με τις Κυκλάδες. Οι κυκλαδίτικες επιρροές, μάλιστα, είναι τόσο ισχυρές ώστε μπορούμε να μιλήσουμε για Κρητοκυκλαδικό πολιτισμό. Στη δεύτερη αίθουσα εκτίθεται άλλη περίφημη νεότερη ομάδα κεραμικής από το σημαντικό πρωτομινωικό οικισμό Φούρνου Κορυφή κοντά στο χωριό Μύρτος Ιεράπετρας. Σε αυτή ανήκει το διασημότερο αντικείμενο του Μουσείου "η θεά της Μύρτου". Πρόκειται για έξοχο σπονδικό αγγείο (ΠΜ ΙΙβ περιόδου) με τη μορφή σχηματοποιημένης θεάς με πολύ μικρό κεφάλι πάνω σε ψηλό, λεπτό λαιμό και κωδωνόσχημο σώμα. Με το δεξί χέρι κρατά και παράλληλα με το αριστερό αγκαλιάζει μικρού μεγέθους ραμφόστομη πρόχου, μοναδική έξοδο υγρού από το εσωτερικό του σπονδικού αγγείου. Στο παρελθόν έχουν φιλοξενηθεί περιοδικές εκθέσεις όπως: "Λασίθι 5.000 χρόνια καλλιτεχνικής έκφρασης: Νίκος Σωτηριάδης, προσωπεία-ειδώλια 1997 μ.Χ.", "Ευρωπαϊκές Ημέρες Πολιτιστικής Κληρονομιάς: Το αθάνατο νερό" κλπ. Στο άμεσο μέλλον οι αίθουσες θα λάβουν την τελική τους μορφή, καθώς προτίθεται να γίνει επανέκθεση των αντικειμένων στα πλαίσια ένταξης του Μουσείου στο Γ' ΚΠΣ από την ΚΔ' Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων, στην οποία ανήκει