Efter 1830 grundades den nya staden utanför fästningsmurarna och fick det symboliska namnet ”Pylos”. Fästningen övergavs och området kring akropolis omvandlades till fängelse. Niokastro, eller Nya Navarino, som det kallades i motsats till Gamla Navarino, byggdes under en tid då eldvapen användes som de viktigaste medlen i både försvars- och anfallskrig. Murarna var tjocka för att kunna stå emot kanoneld, låga för att minska risken att träffas av projektiler och sluttande för att mildra kraften i nedslagen. De förstärktes dessutom med kraftiga bastioner. De två viktigaste bastionerna ligger på den sida som vetter mot havet: den så kallade Sjunde bastionen och Santa Maria-bastionen. De skyddade inloppet till bukten och hamnen. På fästningens högsta och mest utsatta punkt byggdes citadellet. Det förstärktes ytterligare med en torr vallgrav på utsidan, sex femkantiga bastioner och nästan sextio kanoner placerade längs försvarsmurarna. Särskilt imponerande är fästningens södra mur, den så kallade Stora Verga (Megali Verga), som förbinder citadellet med den Sjunde bastionen. Ingången till fästningen låg på den sydöstra sidan, där den imponerande porten ”Zematistra” står. Inne i fästningen finns idag endast ruinerna av bostäderna och de offentliga byggnaderna kvar, samt den imponerande moskén som efter Greklands befrielse omvandlades till den ortodoxa kyrkan för Frälsarens förklaring.