Nach 1830 wurde außerhalb der Festungsmauern eine neue Stadt gegründet, die den symbolischen Namen „Pylos“ erhielt. Die Festung wurde verlassen und das Gebiet der Akropolis wurde in ein Gefängnis umgewandelt. Niokastro, auch Neu-Navarino genannt, im Gegensatz zum Alten Navarino, wurde in einer Epoche errichtet, in der Feuerwaffen und Kanonen die wichtigsten Mittel für offensive und defensive Kriegsführung waren. Die Mauern waren dick, um dem Kanonenbeschuss standzuhalten, niedrig, um weniger Angriffsfläche für Geschosse zu bieten, und geneigt, um die Wucht der Einschläge zu verringern. Zusätzlich wurden sie durch starke Bastionen verstärkt. Die beiden bedeutendsten Bastionen befinden sich auf der Meerseite: die sogenannte Siebte Bastion und die Bastion Santa Maria. Sie schützten den Eingang zur Bucht und den Hafen. An der höchsten und zugleich verwundbarsten Stelle der Festung wurde die Zitadelle errichtet. Sie wurde durch einen äußeren trockenen Graben, sechs fünfeckige Bastionen und nahezu sechzig Kanonen auf den Wehrmauern zusätzlich gesichert. Besonders beeindruckend ist die südliche Festungsmauer, die sogenannte „Große Verga“ (Megali Verga), welche die Zitadelle mit der Siebten Bastion verbindet. Der Zugang zur Festung erfolgte über die südöstliche Seite, wo das eindrucksvolle Tor steht, das als „Zematistra“ bekannt ist. Im Inneren der Festung sind heute nur noch die Ruinen der Wohnhäuser und öffentlichen Gebäude sowie die beeindruckende Moschee erhalten, die nach der Befreiung Griechenlands in die orthodoxe Kirche der Verklärung des Erlösers umgewandelt wurde.