Dopo il 1830 venne fondata una nuova città al di fuori delle mura della fortezza, alla quale fu dato l'augurale nome di «Pylos». La fortezza fu quindi abbandonata e la cittadella venne trasformata in carcere. Il Niokastro, o Nuova Navarino, così chiamato per distinguerlo dalla Vecchia Navarino, fu costruito in un'epoca in cui l'artiglieria costituiva il principale mezzo della guerra difensiva e offensiva. Le mura erano particolarmente spesse per resistere ai colpi di cannone, basse per offrire un bersaglio minore ai proiettili e inclinate per attenuarne l'impatto. Erano inoltre rinforzate da possenti bastioni. I due bastioni più importanti si trovano sul lato rivolto verso il mare: il cosiddetto Settimo Bastione e il Bastione di Santa Maria, che proteggevano l'ingresso della baia e il porto. Nel punto più elevato e più esposto della fortezza fu edificata la cittadella, ulteriormente difesa da un fossato asciutto, sei bastioni pentagonali e quasi sessanta cannoni collocati lungo le mura. Particolarmente suggestiva è la muraglia meridionale della fortezza, conosciuta come la Grande Verga (Megali Verga), che collega la cittadella con il Settimo Bastione. L'accesso alla fortezza avveniva attraverso l'imponente porta sud-orientale, nota con il nome di «Zematistra». All'interno della fortezza oggi si conservano soltanto i resti delle abitazioni e degli edifici pubblici, oltre all'imponente moschea che, dopo la liberazione della Grecia, fu trasformata nella chiesa ortodossa della Trasfigurazione del Salvatore.