L’occupation du site de Palaiochora (Amnisos) débute à l’époque minoenne moyenne, au XIXe siècle av. J.-C. Le nom du site apparaît sous la forme a-mi-mi-so sur les tablettes en Linéaire B (langue grecque). La Villa des Lys fut détruite par un incendie au XVe siècle av. J.-C. Les complexes C et E continuèrent cependant à être habités jusqu’au XIIe siècle av. J.-C. Au VIIe siècle av. J.-C. (époque archaïque), le sanctuaire de Zeus Thenatas fut fondé et demeura en usage jusqu’au IIe siècle apr. J.-C. La colline fut également habitée durant la période de la domination vénitienne.

Les principaux monuments et ensembles architecturaux sont les suivants : la Villa des Lys, une résidence minoenne dotée de couloirs pavés, de portes multiples (polythyra), d’un sanctuaire, d’une cuisine et de salles décorées de fresques représentant des lys en fleurs ; le sanctuaire de Zeus Thenatas, situé sur la colline de Palaiochora, comprenant une enceinte avec un autel circulaire destiné aux feux rituels, à côté duquel est encore visible un mur en blocs de pierre taillés datant de la période MM II ; le Bâtiment C ou Mégaron, un édifice minoen divisé par un mur en deux pièces indépendantes et utilisé jusqu’au XIVe siècle av. J.-C. ; le Complexe E, partie d’un établissement du Minoen Récent situé à l’ouest de la colline, dont une partie est aujourd’hui submergée par la mer, comprenant une aile orientale avec des magasins et une aile occidentale avec un sanctuaire et un dépôt votif ; le Complexe F (« établissement mycénien »), probablement le prolongement du précédent, composé de groupes de bâtiments irréguliers avec un espace pour les amphores, un petit sanctuaire possible et une cour ouverte ; enfin, les habitations de l’époque vénitienne situées sur la colline, appartenant au village de Mesovouni, détruit durant les premières années de la domination ottomane.

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