Die Besiedlung des Gebietes von Palaiochora (Amnisos) begann in der mittelminoischen Periode im 19. Jahrhundert v. Chr. Der Name des Ortes erscheint als a-mi-mi-so auf den Tafeln der Linear-B-Schrift (griechische Sprache). Die Villa der Lilien wurde im 15. Jahrhundert v. Chr. durch einen Brand zerstört. Die Komplexe C und E blieben jedoch bis zum 12. Jahrhundert v. Chr. bewohnt. Im 7. Jahrhundert v. Chr. (archaische Zeit) wurde das Heiligtum des Zeus Thenatas gegründet, das bis zum 2. Jahrhundert n. Chr. genutzt wurde. Der Hügel war auch während der venezianischen Herrschaft besiedelt.
Zu den wichtigsten Denkmälern und architektonischen Ensembles gehören die Villa der Lilien, eine minoische Villa mit gepflasterten Gängen, Polythyra (Mehrfachtüranlagen), einem Heiligtum, einer Küche und Räumen mit Fresken, die blühende Lilien darstellen; das Heiligtum des Zeus Thenatas auf dem Hügel von Palaiochora mit einer Umfassungsmauer und einem runden Feueraltar, neben dem heute noch eine Mauer aus behauenen Quadersteinen der MM-II-Periode sichtbar ist; Gebäude C oder Megaron, ein minoisches Bauwerk, das durch eine Mauer in zwei unabhängige Räume geteilt ist und bis zum 14. Jahrhundert v. Chr. genutzt wurde; Komplex E, ein Teil einer spätminoischen Siedlung westlich des Hügels, von dem ein Teil im Meer versunken ist, mit einem östlichen Flügel für Vorratsräume und einem westlichen Flügel mit Heiligtum und Depot; Komplex F („mykenische Siedlung“), möglicherweise eine Fortsetzung des vorherigen Komplexes, bestehend aus unregelmäßigen Gebäudekomplexen mit Amphorenlager, einem kleinen Heiligtum (?) und einem offenen Hof; sowie die Wohnhäuser venezianischer Zeit auf dem Hügel, die zur Siedlung Mesovouni gehörten, welche in den ersten Jahren der osmanischen Herrschaft zerstört wurde.
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