Die Besiedlung des Gebietes von Palaiochora (Amnisos) begann in der mittelminoischen Periode im 19. Jahrhundert v. Chr. Der Ortsname erscheint als a-mi-mi-so auf Tafeln der Linear-B-Schrift (griechische Sprache). Die Villa der Lilien wurde im 15. Jahrhundert v. Chr. durch einen Brand zerstört, während die Anlagen C und E bis zum 12. Jahrhundert v. Chr. bewohnt blieben. Im 7. Jahrhundert v. Chr. (archaische Zeit) wurde das Heiligtum des Zeus Thenatas gegründet und blieb bis zum 2. Jahrhundert n. Chr. in Verwendung. Der Hügel war auch während der venezianischen Herrschaft besiedelt.

Zu den wichtigsten Denkmälern und architektonischen Komplexen gehören die Villa der Lilien, eine minoische Villa mit gepflasterten Gängen, Polythyra (Mehrfach-Türsystemen), einem Heiligtum, einer Küche und Räumen mit Fresken von blühenden Lilien; das Heiligtum des Zeus Thenatas auf dem Hügel von Palaiochora mit Umfriedung und rundem Opferaltar, neben dem heute noch eine Mauer aus sorgfältig behauenen Steinblöcken der MM-II-Periode sichtbar ist; das Gebäude C oder Megaron, ein minoisches Bauwerk, das in zwei unabhängige Räume unterteilt ist und bis zum 14. Jahrhundert v. Chr. genutzt wurde; der Komplex E, Teil einer spätminoischen Siedlung westlich des Hügels, von dem ein Teil im Meer versunken ist, mit einem östlichen Flügel für Lager und einem westlichen Flügel mit Heiligtum und Depot; der Komplex F („mykenische Siedlung“), vermutlich eine Fortsetzung des vorherigen, bestehend aus unregelmäßigen Gebäudekomplexen mit Platz für Amphoren, einem möglichen kleinen Heiligtum und einem offenen Hof; sowie die Wohnhäuser der venezianischen Zeit auf dem Hügel, die zur Siedlung Mesovouni gehörten, welche in den ersten Jahren der osmanischen Herrschaft zerstört wurde.

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