La ocupación de Palaiochora (Amnisos) comenzó durante el período minoico medio, en el siglo XIX a. C. El nombre del lugar aparece como a-mi-mi-so en las tablillas de Lineal B (lengua griega). La Villa de los Lirios fue destruida por un incendio en el siglo XV a. C., mientras que los complejos C y E continuaron habitados hasta el siglo XII a. C. En el siglo VII a. C. (época arcaica) se fundó el Santuario de Zeus Thenatas, que permaneció en uso hasta el siglo II d. C. La colina también estuvo habitada durante el período de dominio veneciano.
Entre los monumentos y conjuntos arquitectónicos más importantes se encuentran la Villa de los Lirios, una residencia minoica con corredores pavimentados, puertas múltiples (polythyra), un santuario, una cocina y salas decoradas con frescos que representan lirios en flor; el Santuario de Zeus Thenatas, situado en la colina de Palaiochora, que incluye un recinto con un altar circular para fuegos rituales, junto al cual aún puede verse un muro construido con bloques de piedra labrada de la fase MM II; el Edificio C o Mégaron, una construcción minoica dividida por un muro en dos habitaciones independientes y utilizada hasta el siglo XIV a. C.; el Complejo E, parte de un asentamiento minoico tardío al oeste de la colina, del cual una parte ha quedado sumergida bajo el mar, dividido en un ala oriental con almacenes y un ala occidental con un santuario y un depósito votivo; el Complejo F (“asentamiento micénico”), posiblemente continuación del anterior, compuesto por agrupaciones irregulares de edificios con espacio para ánforas, un pequeño santuario (?) y un patio abierto; y las viviendas del período veneciano situadas sobre la colina, pertenecientes al asentamiento de Mesovouni, destruido durante los primeros años de la dominación otomana.
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