De filosofische school van Plato bleef bijna een millennium lang actief. Haar bloeiperiode werd vooral gekenmerkt door de invloed van de zogenoemde neoplatonische denkers, die de leer van Plato herinterpreteerden en verrijkten. In het jaar 529 na Christus echter, betekende een keizerlijk decreet van Justinianus het definitieve einde: alle filosofische en onderwijsinstellingen in Athene werden gesloten. Deze daad markeert symbolisch het einde van de antieke wereld. In latere eeuwen zochten reizigers en geleerden de oorspronkelijke locatie van Plato’s school. Dankzij het voortbestaan van het toponiem, dat in volksmond was vervormd tot “Kathimia”, konden zij het gebied met enige zekerheid identificeren. Systematisch archeologisch onderzoek begon pas in 1929, op initiatief van de in Egypte geboren architect en bewonderaar van Plato, Panagiotis Aristofron. Met persoonlijke inzet, zorg en financiering leidde hij de opgravingen tot aan 1940. Het werk werd voortgezet in de jaren 1955–1963 onder leiding van archeoloog F. Stavropoulos, ditmaal met steun van de Griekse Archeologische Vereniging. Tegenwoordig zijn de belangrijkste archeologische overblijfselen van de Akademie van Plato op drie locaties zichtbaar: 1. Het "Heilige Huis" Op de eerste locatie, in het noordelijke deel van het park nabij de straat Drakontos, bevindt zich onder een beschermend afdak een zogeheten “Heilig Huis” uit de Geometrische periode (ca. 700 v.Chr.). Het gebouw is opgetrokken uit ongebrande leemstenen. Ernaast is een nog oudere woning uit de Vroeg-Helleense periode (ca. 2500 v.Chr.) ontdekt, met een karakteristieke apsisvorm. Beide structuren getuigen van een vroege, verspreide bewoning in het gebied, voorafgaand aan de stichting van het gymnasium. In de nabijheid werd een lange muur met steunberen blootgelegd – inmiddels weer bedekt – die wordt geïdentificeerd als de ommuring van het heilige woud, het “heiligdom” van de Akademie. Fragmenten van dergelijke omheiningen zijn ook elders aangetroffen, samen met stenen zuilen met inscripties die dienden als grensmarkeringen (horos) van de Akademie. 2. Het Gymnasium De tweede locatie bevindt zich in het centrale deel van het park, tussen de hoofdentree (straten Kratylou en Tripoleos) en de kerk van Agios Tryfon. Hier is een deel van het gymnasium blootgelegd. Nog zichtbaar zijn delen van de grote rechthoekige binnenhof van de palestra, omringd door langwerpige gesloten ruimten. Aan de noordkant bevond zich een waterreservoir dat dienstdeed voor de baden van de atleten. Het gebouw wordt doorgaans gedateerd op de 1e eeuw v.Chr. tot de 1e eeuw na Chr. Volgens sommige onderzoekers bevond zich in het noordelijke deel een bibliotheek die behoorde tot de Platoonse School. Rondom zijn ook structuren uit de Romeinse tijd gevonden, vermoedelijk verbonden met de educatieve en atletische functies van het terrein. 3. Het Vierkante Peristylium Op de derde locatie, aan de straten Platonos en Evklidou, staat het zogeheten “Vierkante Peristylium”, gedeeltelijk bewaard gebleven. Het dateert uit de 4e of 3e eeuw v.Chr. en meet 40 bij 40 meter. De precieze functie en architecturale aard van het gebouw blijven onderwerp van discussie. Een gangbare interpretatie is dat dit het oorspronkelijke palestra-gebouw van het gymnasium was. Bij opgravingen zijn ook beschilderde terracotta metopen uit de 6e eeuw v.Chr. gevonden, wat wijst op het bestaan van een ouder, mogelijk openbaar gebouw op dezelfde locatie.