Η Σχολή του Πλάτωνα λειτούργησε για χίλια περίπου χρόνια, γνωρίζοντας μεγάλη ακμή ιδίως με τους λεγόμενους Νεοπλατωνικούς φιλόσοφους, έως το 529 μ.Χ., όταν με διάταγμα του αυτοκράτορα Ιουστινιανού έκλεισαν για πάντα όλα τα εκπαιδευτικά κέντρα της Αθήνας, ορίζοντας έτσι το πραγματικό τέλος του αρχαίου κόσμου. Οι νεώτεροι περιηγητές, οι οποίοι αναζητούσαν την Σχολή του Πλάτωνα, ταύτισαν τη θέση χάρις και στην επιβίωση του αρχαίου ονόματός της με την μορφή "Καθήμεια". Οι ανασκαφές άρχισαν το 1929 από τον Αιγυπτιώτη θαυμαστή του Πλάτωνα αρχιτέκτονα Π. Αριστόφρονα με δική του πρωτοβουλία, επιμέλεια και δαπάνη έως το 1940. Συνεχίστηκαν από τον Φ. Σταυρόπουλλο από το έτος 1955 έως το 1963 με δαπάνη της Αρχαιολογικής Εταιρείας. Τα σημαντικότερα ορατά σήμερα μνημεία της Ακαδημίας Πλάτωνος βρίσκονται σε τρία σημεία: 1. Η «Ιερά Οικία» Στο πρώτο σημείο, μέσα στο Άλσος, αμέσως βόρεια της οδού Δράκοντος, υπάρχει κάτω από προστατευτικό στέγαστρο η Γεωμετρικών χρόνων (περ. 700 π.Χ.) «Ιερά Οικία», κτισμένη από άψητες πλίνθους, καθώς και μία δεύτερη οικία προϊστορική, Πρωτοελλαδικής περιόδου και αψιδωτού σχήματος (περ. 2500 π.Χ.). Τα δύο αυτά οικοδομήματα είναι κατάλοιπα της αραιής κατοίκησης της περιοχής πριν εγκατασταθεί εδώ το Γυμνάσιο. Σε κοντινή απόσταση είχε αποκαλυφθεί (σήμερα καταχωμένος) ένας μεγάλου μήκους τοίχος με αντηρίδες, ο οποίος έχει ταυτιστεί με το  τειχίον των αρχαίων πηγών, τον περίβολο δηλαδή του άλσους. Τμήματα περιβόλων έχουν βρεθεί και σε άλλα σημεία, όπως και λίθινες στήλες με την επιγραφή ?ρος (ορόσημο) τ?ς ?καδημείας. 2. Το Γυμνάσιο Στο δεύτερο σημείο, μέσα στο άλσος, μεταξύ της κεντρικής εισόδου του (οδός Κρατύλου και Τριπόλεως) και της εκκλησίας του Αγίου Τρύφωνα, αποκαλύφθηκε τμήμα του Γυμνασίου. Διατηρούνται ορατά ορισμένα τμήματα της μεγάλης ορθογώνιας αυλής της Παλαίστρας του, περιβαλλόμενης από επιμήκεις κλειστούς χώρους. Βόρειά της μία δεξαμενή εξυπηρετούσε το λουτρό των αθλητών. Το οικοδόμημα αυτό χρονολογείται συνήθως τον 1ο π.Χ. αι.?1ομ.Χ.αι. Κατά μία άλλη άποψη οι χώροι στο βόρειο τμήμα του είναι η βιβλιοθήκη της Σχολής του Πλάτωνα. Εκατέρωθέν του έχουν βρεθεί και τμήματα κτηρίων ρωμαϊκών χρόνων, σχετιζόμενα ασφαλώς και αυτά με τις αθλητικές και εκπαιδευτικές λειτουργίες του χώρου. 3. Το Τετράγωνο Περιστύλιο Στο τρίτο σημείο, επί των οδών Πλάτωνος και Ευκλείδου, απαντά το τμηματικά σωζόμενο «Τετράγωνο Περιστύλιο» (4ος ή 3ος π.Χ. αι.), διαστάσεων 40Χ40μ. Η αρχιτεκτονική μορφή και η λειτουργία του κτηρίου αυτού δεν είναι σαφής. Μία ερμηνεία είναι ότι αυτή είναι η πραγματική Παλαίστρα του Γυμνασίου. Πήλινες ζωγραφιστές μετόπες του 6ου π.Χ. αι. που βρέθηκαν εδώ μαρτυρούν την ύπαρξη και κάποιου αρχαιότερου δημοσίου οικοδομήματος.