Dopo la conquista ottomana di Rethymno nel 1646, la struttura del castello rimase sostanzialmente invariata, anche se aumentarono le abitazioni all’interno delle mura. Dal XX secolo gli abitanti furono progressivamente trasferiti e gli edifici in rovina furono demoliti dal comune, dal Servizio Archeologico e dall’Organizzazione Ellenica del Turismo, al fine di ripristinare il carattere storico del sito. Oggi il castello rappresenta il monumento più importante di Rethymno e viene utilizzato per eventi culturali. Tra le strutture conservate al suo interno si trovano la Sultan Ibrahim Mosque e il Erofili Municipal Theatre, sebbene molti edifici dell’epoca veneziana e ottomana siano stati demoliti. Il perimetro della fortezza è quasi completamente conservato e comprende quattro mezzi bastioni principali, strutture difensive sporgenti secondarie e tre porte di accesso. L’ingresso principale si trova sul lato orientale, mentre gli ingressi secondari sono situati a nord e a ovest. Subito dopo la porta principale si trovano il deposito di artiglieria, la piazza centrale della fortezza con la moschea e gli antichi edifici ecclesiastici e amministrativi, oltre a possibili aree adibite a prigione. Sulle parti sporgenti del castello un tempo si trovavano le residenze degli ufficiali e le aree di stoccaggio, come il complesso presso la porta settentrionale. Sopravvivono anche alcuni edifici antichi di funzione sconosciuta, una piccola cappella del XIX secolo, polveriere sparse e cisterne d’acqua.