Det materiella och digitala samlingsmaterialet presenteras i fem temati ska enheter: 1. Människan Kazantzakis 2. Kazantzakis’ „Odyssé“ 3. Korrespondens, vänskap och influenser 4. Tidiga verk, teaterstycken och „Askesen“ 5. Romaner och reseverk Dessutom kan besökare se en kort dokumentär om Nikos Kazantzakis liv och verk, tillgänglig på elva språk: grekiska, engelska, franska, tyska, spanska, italienska, kinesiska, koreanska, nederländska, polska och ryska. Det finns även en särskild barnversion. På begäran kan man använda trådlös audioguide på grekiska, engelska och tyska eller boka en guidad visning med museets vetenskapliga personal (grekiska och engelska). Utöver den permanenta utställningen utvecklar museet ett brett aktivitetsprogram för olika målgrupper. Detta omfattar ett forskningsbibliotek som främjar studiet av Kazantzakis verk, utbildningsprogram för skolgrupper på alla nivåer samt pedagogiska aktiviteter för barn, ungdomar, familjer och lärare. Dessutom publicerar museet tryckta och digitala publikationer och organiserar kulturella evenemang såsom konferenser, workshops, festivaler, konserter och teaterföreställningar. Samlingen av Kazantzakis-arkivet började 1976 av museets grundare Georgios Anemogiannis. Arkivet utökades avsevärt genom donationen av en stor del av det personliga arvet efter Eleni Samiou-Kazantzakis, författarens hustru. Många privatpersoner bidrog också till att utöka samlingen. I dag omfattar det aktiva arkivet omkring 50 000 objekt och dokument, organiserade i tio samlingskategorier efter form och innehåll. Sedan museets grundande har arkivet kontinuerligt utökats, bevarats och gjorts tillgängligt för forskning. Även Georgios Anemogiannis personliga arkiv har testamenterats till museet. Det räknas till ett av världens bäst organiserade teaterarkiv och innehåller studier av över 400 teaterproduktioner, scen- och kostymritningar, tredimensionella modeller, pressartiklar, fotografier, korrespondens, anteckningsböcker, böcker och personliga föremål.