Efter den osmanniske erobring af Rethymno i 1646 forblev fæstningens struktur stort set uændret, selvom antallet af boliger inden for murene steg. Fra det 20. århundrede blev beboerne gradvist flyttet, og forfaldne bygninger blev nedrevet af kommunen, den arkæologiske tjeneste og den græske turistorganisation for at genskabe stedets historiske karakter. I dag er slottet det vigtigste monument i Rethymno og bruges til kulturelle arrangementer. Inden for fæstningen findes Sultan Ibrahim Mosque og Erofili Municipal Theatre, selvom mange bygninger fra den venetianske og osmanniske periode er blevet nedrevet. Fæstningens omkreds er næsten fuldstændigt bevaret og omfatter fire hoved-halvbastioner, yderligere fremspringende forsvarsstrukturer og tre porte. Hovedindgangen ligger på østsiden, mens sideindgangene findes mod nord og vest. Umiddelbart efter hovedporten ligger artillerilageret, fæstningens centrale plads med moskeen samt tidligere kirkelige og administrative bygninger og muligvis fængselsrum. På de fremspringende dele af slottet lå tidligere officerernes boliger og lagerområder, herunder komplekset ved nordporten. Der er også bevaret nogle gamle bygninger med ukendt funktion, et lille kapel fra det 19. århundrede samt spredte krudtmagasiner og vandreservoirer.