Nach der osmanischen Eroberung von Rethymno im Jahr 1646 blieb die Struktur der Festung weitgehend unverändert, obwohl die Zahl der Wohnhäuser im Inneren zunahm. Ab dem 20. Jahrhundert wurden die Bewohner schrittweise umgesiedelt, und verfallene Gebäude wurden von der Gemeinde, dem Archäologischen Dienst und der Griechischen Organisation für Tourismus abgerissen, um den historischen Charakter des Areals wiederherzustellen. Heute ist die Burg das wichtigste Denkmal von Rethymno und dient als Veranstaltungsort für kulturelle Events. Zu den erhaltenen Gebäuden im Inneren gehören die Sultan Ibrahim Mosque und das Erofili Municipal Theatre, obwohl viele Bauwerke aus der venezianischen und osmanischen Zeit zerstört wurden. Der Festungsumfang ist fast vollständig erhalten und umfasst vier Haupt-Halb-Bastionen, zusätzliche vorspringende Verteidigungswerke und drei Tore. Der Haupteingang befindet sich auf der Ostseite, während sich die Nebeneingänge im Norden und Westen befinden. Unmittelbar hinter dem Haupttor befinden sich das Artillerielager, der zentrale Platz der Festung mit der Moschee sowie ehemalige kirchliche und Verwaltungsgebäude und möglicherweise Gefängnisräume. Auf den vorspringenden Teilen der Burg befanden sich einst die Wohnhäuser von Offizieren und Lagerbereiche, wie der Komplex am Nordtor. Einige alte Gebäude unbekannter Nutzung sind ebenfalls erhalten, zusammen mit einer kleinen Kapelle aus dem 19. Jahrhundert, verstreuten Pulvertürmen und Wasserzisternen.