В рамках исследований более широкой области Анополи, на высотах от 600 до 800 метров, были обнаружены отдельные памятники позднего неолита / раннеминойского периода. Остатки древней Анополиса (упоминаемой Стефаном Византийским как Анополис) находятся на холме Святой Екатерины, к западу и юго-западу от современного одноимённого поселения. Его расположение обеспечивало полный контроль над большой территорией суши, а также над Ливийским морем. Морские коммуникации как промежуточного пункта между Востоком и Западом обеспечивались портом Феникс, современным Лутро. Источники сообщают, что в III веке до н. э. город был захвачен соседней Араденой, а затем освобождён Хармадасом, гражданином Анополиса. Этот период, вероятно, соответствует первой фазе строительства крепостных стен. В 230–210 гг. до н. э. город упоминается в списке полисов, отправлявших θεωροί (священные посольства) в Дельфы. Анополис вместе с Араденой и Поикиласосом также входит в число городов, подписавших договор с Эвменом II Пергамским в 183 г. до н. э.