במסגרת המחקר באזור הרחב של אנופולי, בגבהים של 600–800 מטר, התגלו מספר אתרים מהתקופה הניאוליתית המאוחרת / המינואית הקדומה. שרידי העיר העתיקה אנופוליס (כפי שמוזכרת אצל סטפנוס מביזנטיון) נמצאים על גבעת אגיה אקטריני, ממערב ומדרום־מערב לכפר המודרני באותו שם. מיקומה אפשר שליטה מלאה על שטח יבשתי נרחב ועל הים הלובי. הקשר הימי, כתחנת מעבר בין מזרח למערב, התבצע דרך הנמל פיניקס, שהוא לוטרו של ימינו. המקורות מציינים כי במאה ה־3 לפנה״ס נכבשה העיר על ידי ארדנה השכנה, ולאחר מכן שוחררה על ידי חרמאדס, אזרח אנופוליס. תקופה זו מתאימה ככל הנראה לשלב הראשון של בניית חומות העיר. בין השנים 230–210 לפנה״ס העיר מוזכרת ברשימת פולייס ששלחו תיאורים לדלפי. אנופוליס, יחד עם ארדנה ופויקילאסוס, נכללת גם בין הערים שחתמו על הסכם עם אאומנס השני מפרגמון בשנת 183 לפנה״ס.