Die Besiedlung des Gebietes von Palaiochora (Amnisos) begann in der mittelminoischen Periode im 19. Jahrhundert v. Chr. Der Name des Ortes erscheint als a-mi-mi-so auf den Tafeln der Linear-B-Schrift (griechische Sprache). Die Villa der Lilien wurde im 15. Jahrhundert v. Chr. durch einen Brand zerstört. Die Komplexe C und E blieben jedoch bis zum 12. Jahrhundert v. Chr. bewohnt. Im 7. Jahrhundert v. Chr. (archaische Zeit) wurde das Heiligtum des Zeus Thenatas gegründet, das bis zum 2. Jahrhundert n. Chr. genutzt wurde. Der Hügel war auch während der venezianischen Herrschaft besiedelt.

Tra i principali monumenti e complessi architettonici figurano la Villa dei Gigli, una residenza minoica con corridoi lastricati, porte multiple (polythyra), un santuario, una cucina e sale decorate con affreschi raffiguranti gigli in fiore; il Santuario di Zeus Thenatas, situato sulla collina di Palaiochora, comprendente un recinto con un altare circolare per i fuochi rituali, accanto al quale è ancora visibile un muro costruito con grandi blocchi squadrati del periodo MM II; l’Edificio C o Megaron, una costruzione minoica divisa da un muro in due ambienti indipendenti e utilizzata fino al XIV secolo a.C.; il Complesso E, parte di un insediamento tardo-minoico a ovest della collina, di cui una parte è sprofondata nel mare, suddiviso in un’ala orientale con magazzini e un’ala occidentale con un santuario e un deposito votivo; il Complesso F (“insediamento miceneo”), probabilmente una continuazione del precedente, composto da gruppi edilizi irregolari con spazio per anfore, un piccolo santuario (?) e un cortile aperto; infine, le abitazioni del periodo veneziano sulla collina, appartenenti all’insediamento di Mesovouni, distrutto nei primi anni della dominazione ottomana.

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