Die bekannteste und bedeutendste natürliche Quelle des Heiligen Felsens, die Klepsydra, befindet sich am nördlichen Abhang und erstreckt sich südlich des Peripatos-Weges. Schon in der Jungsteinzeit lieferte sie reichlich Wasser, das die Bewohner aus Brunnen schöpften. Ihr ältester Name war Empedo, nach der Nymphe, die an diesem Ort verehrt wurde. Später erhielt sie den Namen Klepsydra, „Wasserdiebin“, da ein Teil ihres Wassers in den Sommermonaten verschwand und über einen unterirdischen Kanal zum Athener Hafen von Phaleron geleitet wurde. Das erste Brunnenbauwerk wurde zur Zeit des Kimon (470–460 v. Chr.) errichtet und bestand aus einem rechteckigen Becken mit Wasserzufuhröffnungen und einer Plattform zum Schöpfen des Wassers. Vor dem Brunnen wurde zudem ein großer gepflasterter Hof angelegt, dessen genaue Nutzung jedoch unklar bleibt. Felsstürze in römischer Zeit blockierten die Quelle, weshalb später ein Brunnen mit gewölbter Schutzkonstruktion angelegt wurde. In der christlichen Zeit wurde die Quelle in eine kleine Kapelle umgewandelt, die als Kirche der Heiligen Apostel im Marmor bekannt ist. Während des Griechischen Unabhängigkeitskriegs versorgte die Klepsydra die griechischen Kämpfer mit Trinkwasser, eingebunden in eine von Odysseas Androutsos errichtete Befestigung.

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