Gymnasiet var bygget på to niveauer. Den øverste terrasse omfattede xystos, en overdækket hal med en bredde på 7 meter og en længde på 178,35 meter, hvilket svarer til længden af et pythisk stadion. Her trænede atleterne løb i dårligt vejr, og navnet skyldes, at overfladen skulle skrabes for at blive jævnet. Nyere udgravninger har afdækket xystos i hele dens længde. Oprindeligt, i det 4. århundrede f.Kr., var den bygget i dorisk stil af porøs sten. Senere erstattede romerne dog facadens søjlerække med en ionisk søjlegang fremstillet af marmor. Parallelt med xystos lå paradromis, en planeret udendørs løbebane på 6 meters bredde til træning i løbediscipliner. På den nederste terrasse lå palæstraen, som bestod af en firkantet central gård omgivet af søjlegange, der var opdelt i forskellige rum. Indskrifter fortæller, at disse rum blev brugt som boldspilrum (sphaeristerion), omklædningsrum, rum til at indsmøre kroppen med støv (konima) og sandsynligvis også som helligdom for Hermes eller Herakles. I gården foregik træningen i brydning og boksning. Vest for palæstraen findes stadig en cirkulær pool med en diameter på 10 meter og en dybde på 1,80 meter, som var et vigtigt element i det græske bad. Bag den forsynede en række vandhaner ti sammenhængende stenbassiner med vand fra Kastalia-kilden. Disse var atleternes vaskebassiner. Endnu længere mod vest blev der i år 120 e.Kr. opført et balaneion, det vil sige romerske bade, til varme bade. Flere århundreder senere blev området omkring gymnasiet overtaget af et byzantinsk kloster. Dets hovedkirke (katholikon), som var bygget oven på palæstraen, blev revet ned i 1898 for at muliggøre udgravningerne. På en af de klassiske søjler, der var blevet genanvendt i klostret, indgraverede Lord Byron sit navn, da han besøgte Delfi.