Οι εξωτερικές τοιχοποιίες είναι κατασκευασμένες από αργούς λίθους, μεταξύ των οποίων παρεμβάλλεται μία μονή στρώση οριζόντιων οπτοπλίνθων. Περισσότερο επιμελημένης κατασκευής είναι ο τοίχος που διαχωρίζει το νάρθηκα από τον κυρίως ναό. Ο νάρθηκας επικοινωνούσε με τα πέντε κλίτη του κυρίως ναού μέσω ισάριθμων θυρών. Τέσσερις κιονοστοιχίες που έβαιναν σε στυλοβάτες χωρίζουν τον κυρίως ναό στα πέντε κλίτη. Από τους κίονες διατηρείται κατά χώραν μόνο μία ιωνική βάση. Ο κυρίως ναός επικοινωνούσε με το βαπτιστήριο μέσω θύρας στο δυτικό τμήμα της νότιας πλευράς. Κατά τη διάρκεια ανασκαφών, που πραγματοποιήθηκαν το 1954 από τον καθηγητή Αν. Ορλάνδο, αποκαλύφθηκαν τμήματα του επιδαπέδιου ψηφιδωτού διακόσμου του μνημείου, ο οποίος κάλυπτε το κεντρικό κλίτος και το νάρθηκα της βασιλικής, καθώς και τον προθάλαμο του βαπτιστηρίου και ανάγεται στα τέλη του 5ου – αρχές 6ου αι. Η βασιλική πιθανότατα καταστράφηκε τον 7ο αι. Επάνω στα ερείπια κτίστηκε, τον 11ο-12ο αι., μικρό τρίκογχο ναΰδριο με κυλινδρικό τρούλο, αφιερωμένο στην Παναγία ή στην Αγία Άννα. Eίναι κατασκευασμένο ως επί το πλείστον από αρχαίο αρχιτεκτονικό υλικό σε β΄ χρήση, συμπεριλαμβανομένων αρχαίων επιγραφών. Στο εσωτερικό του σώζονται και ελάχιστα σπαράγματα τοιχογραφικού διακόσμου. Ο ναός πιθανόν λειτούργησε ως καθολικό μονής, ενώ σε μεταγενέστερη εποχή ο χώρος χρησιμοποιήθηκε και ως νεκροταφείο.