Το 2005 ολοκληρώθηκαν οι εργασίες και από το 2006 άρχισε η προετοιμασία της έκθεσης. Από τον Ιούνιο του 2010 έχει ανοίξει τις πόρτες του στο κοινό. Τα ευρήματα από τις πρώτες ανασκαφές στο νησί κατά το 19ο αι. φιλοξενήθηκαν στο Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο. Τα τυχαία ευρήματα , οι παραδόσεις καθώς και τα αντικείμενα που είχε περισυλλέξει και καταγράψει από όλο το νησί ο βυζαντινολόγος Δημήτρης Πάλλας, συγκεντρώνονταν στο πρώτο Δημαρχείο της πόλης, επί της Λεωφόρου Φανερωμένης. Από το 1960 και μετά, πολλά σημαντικά ευρήματα από τη Σαλαμίνα μεταφέρονταν και στο Αρχαιολογικό Μουσείο του Πειραιά, όπου μέχρι σήμερα εκτίθενται. Το 1964 το κτήριο του Δημαρχείου κρίθηκε ακατάλληλο και έτσι τα αρχαία μεταφέρθηκαν στην αίθουσα του Εξωραϊστικού Συλλόγου Σαλαμίνας «Ο Ευριπίδης». Το 1963, ο Δήμος της Σαλαμίνας δώρησε οικόπεδο στο Ελληνικό Δημόσιο, δίπλα στην εκκλησία του Αγ. Νικολάου, όπου, το 1967, κατασκευάστηκε μικρό κτήριο, το οποίο και λειτούργησε ως Αρχαιολογικό Μουσείο για τα ευρήματα του νησιού. Εκεί μεταφέρθηκε το σύνολο των αντικειμένων που φιλοξενούνταν στον Εξωραϊστικό Σύλλογο, όπως και μεγάλο μέρος των ευρημάτων που φυλάσσονταν στις Αποθήκες του Εθνικού Αρχ/κού Μουσείου. Ένας χάρτης με τις αρχαιολογικές θέσεις του νησιού, έργο του ζωγράφου της Β΄ΕΠΚΑ Κώστα Ηλιάκη, κοσμούσε το Μουσείο και ενημέρωνε τον επισκέπτη. Όμως, το μικρό αυτό κτήριο δεν πληρούσε τις προϋποθέσεις ασφάλειας και προστασίας των αντικειμένων και, το 1977, ο τότε Έφορος της αρμόδιας Β΄ΕΠΚΑ Βασίλης Πετράκος , μετέφερε τις προθήκες με τα αγγεία στον Πειραιά, όπου και φυλάσσονταν έκτοτε τα σημαντικότερα ευρήματα. Τα λίθινα αντικείμενα παρέμειναν στην Αποθήκη του Αγ. Νικολάου, όπου σήμερα λειτουργεί και εργαστήριο συντήρησής τους. Το Αρχαιολογικό Μουσείο Σαλαμίνας στεγάζεται στο κτήριο του πρώην Καποδιστριακού Δημοτικού Σχολείου της πόλης, το οποίο, με τη σύμφωνη γνώμη του Δήμου της Σαλαμίνας, παραχωρήθηκε στο ΥΠΠΟ από το Υπ. Οικονομικών στο οποίο ανήκε. Οι συλλογές του Μουσείου αποτελούνται ως επί το πλείστον από ευρήματα ανασκαφών σε όλη την έκταση του νησιού, αλλά και από τυχαία ευρήματα και παραδόσεις πολιτών και είναι έργα κυρίως κεραμικής και γλυπτικής, που καλύπτουν όλη τη διάρκεια της πλούσιας αρχαίας ιστορίας του νησιού, από τα Προϊστορικά χρόνια (Τελική Νεολιθική εποχή) μέχρι και την Ύστερη αρχαιότητα. Το κτήριο του Αρχαιολογικού Μουσείου διαθέτει μια μεγάλη εκθεσιακή αίθουσα στο ισόγειο. Η κλίμακα της κεντρικής εισόδου χωρίζει την αίθουσα αυτή σε δύο ανισομεγέθεις χώρους: την Αίθουσα Α΄ και την Αίθουσα Β΄. Στο κέντρο του κτηρίου υπάρχει το αίθριο, μια τετράγωνη αυλή με στεγασμένο περιστύλιο που οδηγεί στην υπερυψωμένη Αίθουσα Γ΄(βλ. κάτοψη). Οι εκθεσιακοί χώροι καλύπτουν μια επιφάνεια 400 τ.μ, ενώ άλλα 100 τ.μ καταλαμβάνουν οι αποθήκες και οι εργαστηριακοί χώροι του Μουσείου. Το Μουσείο εποπτεύεται από την ΚΣΤ΄ Εφορεία Προϊστορικών και Κλασικών Αρχαιοτήτων και σκοπός του, εκτός από τη συγκέντρωση, καταγραφή, συντήρηση και έκθεση-επανέκθεση των ευρημάτων, είναι και η ευαισθητοποίηση, μέσω της γνώσης, της τοπικής και ευρύτερης κοινωνίας για την πολύτιμη πολιτιστική μας κληρονομιά. Όμως, φιλοδοξώντας να γίνει το Μουσείο ένας πόλος πολιτισμού για την τοπική κοινωνία, εκτός από τα εκπαιδευτικά προγράμματα, τις διαλέξεις και τις εκδηλώσεις που αφορούν στην πολιτιστική μας κληρονομιά, διοργανώνονται και εκδηλώσεις που άπτονται όλου του φάσματος της σύγχρονης δημιουργίας (μουσική, ζωγραφική, γλυπτική).