בשני אולמות המוזיאון מוצגים ממצאים שמקורם באתרים ארכאולוגיים באי, המתוארכים מהתקופה ההלנית הקדומה (2800–1900 לפנה״ס) ועד התקופה הרומית. בין המוצגים הבולטים נמצאים בקבוקון ממוצא קפריסאי, פיקסיס אטית גאומטרית שעל מכסהּ מופיעים סוסים מגולפים בתבליט מלא, וכן ריטון זואומורפי (כלי פולחני) בצורת סוס. בחצר המוזיאון מוצגים חלקים אדריכליים ופסלים מתקופות שונות, וכן סרקופגים מן התקופה הפרוטוגאומטרית והגאומטרית. המוזיאון כולל גם את אוסף הפולקלור החשוב של ל. קוסטירי, שנתרם לזכר אחיה, הארכאולוג י. פפדימיטריו. 

http://odysseus.culture.gr
https://archaeologicalmuseums.gr/el/museum/5df34af3deca5e2d79e8c170/archaeological-museum-of-skyros
https://www.efaeuv.gr/museums/skyros/skyros-gr.html