חשוב לציין את היעדר פסלי הפרתנון המקוריים במוזיאון האקרופוליס, אשר נמצאים במוזיאונים ובאוספים אקדמיים באירופה (המוזיאון הבריטי, הלובר ועוד). המוזיאון ופעילויותיו קשורים באופן בלתי נפרד לאתר הארכאולוגי ולעבודות השחזור המבוצעות על המונומנטים של הסלע ומדרונותיו. מוזיאון האקרופוליס הוא מוזיאון נושא, ואוספיו כוללים ממצאים ממקום ארכאולוגי יחיד – האקרופוליס של אתונה. המוזיאון נחנך בקיץ 2009 ומציע תמונה מלאה של אופיו והתפתחותו ההיסטורית של הסלע הקדוש ומדרונותיו. חללי התערוכה במוזיאון משתרעים על פני ארבע קומות: • קומת קרקע: מוצגים ממצאים מהקדשים ומהיישוב שהתפתח במדרונות האקרופוליס בכל התקופות ההיסטוריות. • קומה ראשונה: מסלול מעגלי המציג כמעט את כל ההיסטוריה של פסגת הסלע, מהאלף השני לפני הספירה ועד לסוף העת העתיקה. • קומה שלישית: תערוכה של הקישוטים הפסליים של הפרתנון, המקדש הגדול ביותר באקרופוליס. • בסיס הבניין: חורבות השכונה העתיקה של אתונה, שנחשפו בחפירות הארכאולוגיות.