Con el ascenso de la dinastía de los Teménidas en el siglo VII a. C., Aigai se convirtió en la sede del poder macedonio y alcanzó su esplendor en los siglos VI y V a. C. La ciudad no se organizaba según un plan urbanístico rígido, sino que estaba formada por asentamientos dispersos alrededor de un núcleo central que incluía el palacio, los santuarios y la acrópolis fortificada. El palacio ocupaba una posición destacada, y a su alrededor se desarrollaron el teatro, importantes santuarios y edificios públicos, mientras gran parte de la población vivía fuera de las murallas.
Durante el reinado de Arquelao, Aigai se convirtió en un importante centro cultural que atrajo a grandes artistas e intelectuales como Eurípides y Zeuxis. En los últimos años del reinado de Filipo II de Macedonia se llevó a cabo un gran programa de construcción con la edificación de un nuevo palacio, un teatro y el santuario de Eukleia, lo que expresaba la unidad del poder político, religioso y cultural.
Aunque el centro administrativo se trasladó posteriormente a Pella, Aigai permaneció como la capital sagrada de los macedonios, lugar de ceremonias reales y enterramientos dinásticos. Allí fue asesinado Filipo II y proclamado rey Alejandro Magno. Al norte de la ciudad se extendía la gran necrópolis de Aigai, donde se enterraron los reyes macedonios desde la Edad del Hierro hasta el periodo helenístico. Las excavaciones han sacado a la luz ricos hallazgos que iluminan la cultura, las costumbres y las creencias sobre la vida después de la muerte de los macedonios, destacando especialmente los complejos funerarios reales de Filipo II y las reinas.
Tras la conquista romana en el 168 a. C., Aigai fue destruida y entró en decadencia progresiva, mientras el palacio y el teatro quedaron en ruinas. En el siglo I d. C., los habitantes se trasladaron a un nuevo asentamiento en la llanura, y el nombre de Aigai desapareció con el paso de los siglos, quedando solo el recuerdo de la antigua ciudad real.