Die bekannteste und bedeutendste natürliche Quelle des Heiligen Felsens, die Klepsydra, liegt am nördlichen Hang und erstreckt sich südlich des Peripatos-Wegs. Schon seit der Jungsteinzeit lieferte sie den Bewohnern reichlich Wasser, das aus Brunnen geschöpft wurde. Ihr ältester Name war Empedo, nach der Nymphe, die an diesem Ort verehrt wurde. Später erhielt die Quelle den Namen Klepsydra, oder „Wasserdiebin“, da ein Teil des Wassers in den Sommermonaten verschwand und durch einen unterirdischen Kanal zum Hafen von Phaleron in Athen geleitet wurde. Das erste Brunnenbauwerk wurde zur Zeit des Kimon (470–460 v. Chr.) errichtet und bestand aus einem rechteckigen Becken mit Wasserzuläufen und einer Plattform zum Schöpfen. Vor dem Brunnen wurde zudem ein großer gepflasterter Hof angelegt, dessen genaue Funktion bis heute nicht geklärt ist. Felsstürze in der Römerzeit blockierten die Quelle, weshalb später ein Brunnen mit einer gewölbten Schutzkonstruktion geschaffen wurde. In der christlichen Zeit wurde die Quelle zu einer kleinen Kapelle umgebaut, bekannt als Kirche der Heiligen Apostel im Marmor. Während des Griechischen Unabhängigkeitskrieges versorgte die Klepsydra die griechischen Kämpfer mit Trinkwasser und war Teil einer von Odysseas Androutsos errichteten Befestigung.

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