Das Archäologische Museum von Mystras in Lakonien ist ein einzigartiger Ausstellungsraum, der eng mit der byzantinischen Siedlung und der Geschichte des Despotats von Morea verbunden ist. Das erste informelle Museum wurde Ende des 19. Jahrhunderts im Ostflügel des metropolitischen Komplexes vom französischen Byzantinisten Gabriel Millet gegründet. Dort wurden skulptierte architektonische Elemente aus den Kirchen von Mystras aufgestellt, während die Sammlung zu Beginn des 20. Jahrhunderts durch den Metropoliten von Sparta, Theoklitos Minopoulos, erweitert wurde. Das Museum wurde 1952 offiziell gegründet, als Nikolaos Drandakis als Ephoros der Altertümer tätig war, und die Sammlung wurde in den Westflügel des metropolitischen Komplexes verlegt. Im Obergeschoss wurden Objekte der Kleinkunst ausgestellt, vorwiegend aus lokalen Grabungen, sowie tragbare Ikonen, während im Erdgeschoss die frühere Skulpturensammlung durch byzantinische Funde aus dem Museum von Sparta ergänzt wurde.
Die Ausstellung wurde auch auf halboffene Bereiche und Innenhöfe des Komplexes ausgeweitet und setzte eine Tradition fort, die bereits von Persönlichkeiten wie Metropolit Ananias Lambardis begonnen wurde, der antike Skulpturen in die Fassaden des Gebäudes integrierte und sie vor Ort präsentierte. So bilden Museum und metropolitischer Komplex eine einheitliche Darstellung des byzantinischen und postbyzantinischen Erbes von Mystras.

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