Αξίζει να σημειωθεί η απουσία στο Μουσείο της Ακρόπολης των πρωτότυπων γλυπτών του Παρθενώνα, που διατηρούνται σε ευρωπαϊκά μουσεία και πανεπιστημιακές συλλογές (Βρετανικό Μουσείο, Λούβρο κ.ά.). Το μουσείο και οι δραστηριότητές του συνδέονται στενά με τον αρχαιολογικό χώρο, καθώς και με τα έργα αποκατάστασης που πραγματοποιούνται στα μνημεία του βράχου και των πλαγιών του. Το Μουσείο της Ακρόπολης είναι θεματικό μουσείο, καθώς οι συλλογές του προέρχονται από έναν μόνο αρχαιολογικό χώρο, την Ακρόπολη των Αθηνών. Εγκαινιάστηκε το καλοκαίρι του 2009 και προσφέρει μια πλήρη εικόνα του χαρακτήρα και της ιστορικής πορείας του ιερού βράχου και των πλαγιών του. Οι εκθεσιακοί χώροι του μουσείου εκτείνονται σε τέσσερα επίπεδα: • Ισόγειο: παρουσίαση των ευρημάτων από τα ιερά και την κατοίκηση που αναπτύχθηκε στις πλαγιές της Ακρόπολης σε όλες τις ιστορικές περιόδους. • Πρώτος όροφος: κυκλική διαδρομή που ανασκοπεί σχεδόν όλη την ιστορία της κορυφής του βράχου, από τη 2η χιλιετία π.Χ. έως το τέλος της Αρχαιότητας. • Τρίτος όροφος: έκθεση της γλυπτικής διακόσμησης του Παρθενώνα, του μεγαλύτερου ναού της Ακρόπολης. • Υπόγεια του κτιρίου: τα λείψανα της αρχαίας αθηναϊκής πόλης που αποκαλύφθηκαν από τις αρχαιολογικές ανασκαφές.