Η Εταιρεία, πιστή στην επιθυμία των δωρητών και αναγνωρίζοντας την αξία του αρχοντικού Κουντουριώτη μέσα στην υδραίικη οικιστική και ιστορική ιδιαιτερότητα, διατήρησε αναλλοίωτα όλα τα ιστορικά και αρχιτεκτονικά του στοιχεία και διαμόρφωσε επισκέψιμους εκθεσιακούς χώρους. Μετά από τις εργασίες αποκατάστασης το παράρτημα του Εθνικού Ιστορικού Mουσείου έχει διαμορφωθεί σετρία επίπεδα. Στο ισόγειο, στα παλιά κελάρια του αρχοντικούπου έχουν κατάλληλα διαμορφωθεί, εκτίθενται μόνιμα πίνακες δύο καταξιωμένων στην Ελλάδα και το εξωτερικό ζωγράφων, του Περικλή Βυζάντιου (1893-1972) και του γιου του Κωνσταντίνου Βυζάντιου (1924-2007), οι οποίοι συνδέονταν με στενούς οικογενειακούς δεσμούς με την οικογένεια Κουντουριώτη. Ο Περικλής Βυζάντιος πέρασε μεγάλο μέρος της ζωής του στην Υδρα ως διευθυντής του Παραρτήματος της Σχολής Καλών Τεχνών. Λάτρεψε την Υδρα και πολλές φορές την απαθανάτισε στα έργα του. Οι πίνακες είναι δωρεά προς την "Ιστορική και Εθνολογική Εταιρεία της Ελλάδας" της Μ. Λιακοπούλου - Βυζαντίου και του γιου της Αλέξανδρου. Ο όροφος παρουσιάζεται όπως τον είχε βιώσει ο τελευταίος απόγονος της οικογένειας και δωρητής Παντελής Κουντουριώτης, με τα παλιά έπιπλα, σκεύη, καθρέφτες, σερβίτσια, ζωγραφικούς πίνακες, οικογενειακά πορτρέτα, προσωπικά αντικείμενα και κειμήλια της οικογένειας Κουντουριώτη. Η επίπλωση φερμένη από την Ανατολή και τη Δύση, αρμονικά συνταιριασμένη με ντόπια στοιχεία. Νησιώτικοι καναπέδες και μεντέρια, τοποθετημένα δίπλα σε ευρωπαϊκές κονσόλες και μπουφέδες, ξύλινες κασέλες και δίφυλλες ντουλάπες, μαγκάλια και χαλκώματα, χρυσοποίκιλτοι καθρέφτες, αγγλικά και ιταλικά σερβίτσια, ναυτικά ενθύμια, ζωγραφικά και φωτογραφικά οικογενειακά πορτρέτα, χαρακτικά του αγώνα της Ανεξαρτησίας, συνθέτουν ένα ιδιόμορφο αλλά και ιδιαίτερα γοητευτικό σύνολο. Στον άνω όροφο τέλος εκτίθενται ιστορικές και λαογραφικές συλλογές του Εθνικού Ιστορικού Μουσείου με αντιπροσωπευτικά έργα Νεοελληνικής Τέχνης του 18ου και του 19ου αιώνα με αναφορά κυρίως στη νησιωτική παραδοσιακή τέχνη. Παραδοσιακές νησιωτικές ενδυμασίες των τριών κατεξοχήν ναυτικών νησιών - Υδρας, Σπετσών και Ψαρών, αλλά και της Σκόπελου, της Σκύρου, της Σκιάθου, της Αστυπάλαιας, του Τρίκερι, της Κέρκυρα, της Χίο, του Καστελόριζου καθώς και άλλων ελληνικών περιοχών, από την ηπειρωτική Ελλάδα - Ιωάννινα, Βέροια, Καστοριά. Κοσμήματα, κεντήματα, υφαντά, κεραμικά, κασέλες ξυλόγλυπτες ή επιζωγραφισμένες, διακοσμητικά και άλλα χρηστικά αντικείμενα, παρουσιάζονται στα μεγάλα δωμάτια του ορόφου απηχώντας τις κοινωνικές και οικονομικές συνθήκες εκείνης της εποχής, καθώς και τις αισθητικές τάσεις, απόρροια βεβαίως από την επίδραση του δυτικοευρωπαϊκού τρόπου ζωής. Την προσοχή των επισκεπτών προσελκύουν στην πρώτη αίθουσα,η ενδυμασία της Λαζαρίνας (Σταματίνας) Κουντουριώτη, τυπικό δείγμα υδραίικης φορεσιάς με ολομέταξο πτυχωτό σκουροπράσινο φουστάνι και μεταξωτή ζακέτα, η ενδυμασία της Υδρας της Ελένης Δημ. Βούλγαρη, εγγονής του Λ. Κουντουριώτη, η φορεσιά των Σπετσών της Μαρίας Μπόταση, αλλά και η ενδυμασία των Ψαρών της Καλλιόπης Κοτζιά. Στον ίδιο χώρο παρουσιάζονται και τα περίφημα υδραίικα μαντίλια, δημιουργήματα της γυναικείας καλλιέργειας και ευαισθησίας με κυρίαρχο αυτό της Κυριακούλας Κριεζή, επίτιμης Κυρίας των Τιμών της βασίλισσας Αμαλίας. Στην επόμενη αίθουσα, παρουσιάζονται ποικίλα κοσμήματα - πόρπες, βραχιόλια, σκουλαρίκια, κοσμήματα ράχης επιστήθιες καρφίτσες - και παραδοσιακές ενδυμασίες με ιδιαίτερο ενδιαφέρον από τη Μακεδονία, τη Θράκη, τη Μικρά Ασία, τη Βόρεια Ήπειρο και την Αττική. Το ενδιαφέρον του επισκέπτη προσελκύει επίσης η μεγάλη αίθουσα του ορόφου και ιδιαίτερα η κεντρική προθήκη της αίθουσας, στην οποία εκτίθενται εξαίρετα δείγματα αργυροχρυσοχοίας, φιλοτεχνημένα με τις πατροπαράδοτες τεχνικές. Τη σφυρήλατη, τη χυτή, την έκτυπη, την εγχάρακτη, τη διάτρητη, τη συρματερή, τα σμάλτα και το σαβάτι. Τα πολύχρωμα κεραμικά πιάτα και γαβάθες τοποθετημένα στον τοίχο μαζί με τους τριφυλλόσχημους μαστραπάδες και τα κανάτια από διάφορες περιοχές του ελληνισμού δίνουν άλλη μια πτυχή της νησιωτικής παράδοσης παραπέμποντας στη διακόσμηση του νησιώτικου σπιτιού. Ακόμη εκτίθενται και δύο επιζωγραφισμένα ξυλόγλυπτα τεμάχια από τον εσωτερικό διάκοσμο του αρχοντικού του "μπέη" της Υδρας Γεωργίου Βούλγαρη, που αποτελούν εξαίρετα δείγματα ξυλογλυπτικής. Η νεοελληνική υφαντική εκπροσωπείται στην έκθεση από έναν ξύλινο σκαλιστό αργαλειό από την Κρήτη μαζί με διάφορα εργαλεία για την επεξεργασία μαλλιού όπως ρόκες, σαΐτες κ.ά. και εξαιρετικά δείγματα υφαντών με πολύχρωμα κεντήματα του αργαλειού για το στολισμό του σπιτιού και το ντύσιμο της οικογένειας.