Σημαντικές επιστημονικές μελέτες εκδίδονται από το Νομισματικό Μουσείο όπως ο μνημειώδης κατάλογος Τα νομίσματα του κράτους των Πτολεμαίων (1904) που επιμελήθηκε ο Ιω. Σβορώνος. Το 1898 κυκλοφορεί το πρώτο νομισματικό περιοδικό η Διεθνής Εφημερίδα της Νομισματικής Αρχαιολογίας, που είχε απήχηση σε έλληνες και ξένους επιστήμονες. Στο περιοδικό αυτό δημοσιευόταν κάθε χρόνο τα νέα προσκτήματα του Μουσείου. Το 1940, με την κήρυξη του ελληνο-ιταλικού πολέμου, όλα τα νομίσματα του Μουσείου συγκεντρώθηκαν και ασφαλίστηκαν στην Τράπεζα της Ελλάδος. Το 1946, μετά την απελευθέρωση, ο εξοπλισμός του Mουσείου μεταφέρθηκε από την Ακαδημία στον πρώτο όροφο του Εθνικού Αρχαιολογικού Mουσείου. Η νέα έκθεση στο Εθνικό Αρχαιολογικό Μουσείο ολοκληρώθηκε το 1956 από την τότε διευθύντρια Ειρήνη Βαρούχα-Χριστοδουλοπούλου. Οι δωρεές, αγορές και παραδόσεις νομισμάτων συνεχίζονται με αποτέλεσμα να αυξηθεί η συλλογή του μουσείου. Οι καταγραφές και μελέτες του υλικού του μουσείου συνεχίζονται συστηματικά. Το Ιλίου Μέλαθρον παραχωρήθηκε στο Υπουργείο Πολιτισμού το 1984 για την στέγαση του Νομισματικού Μουσείου. Ακολούθησαν εργασίες αποκατάστασης του κτηρίου και συντήρησης των τοιχογραφιών και των ψηφιδωτών δαπέδων. To 1998 πραγματοποιηθήκαν τα εγκαίνια της μόνιμης έκθεσης για το αρχαίο ελληνικό νόμισμα, που αναπτύσσεται στον πρώτο όροφο του Ιλίου Μελάθρου. Το 2007 ολοκληρώθηκε η μόνιμη έκθεση για την ιστορία του νομίσματος, με την παρουσίαση νομισμάτων του ρωμαϊκού, βυζαντινού, μεσαιωνικού και νεότερου κόσμου. Ιδιαίτερες ενότητες αποτελούν η δραχμή, τα μετάλλια, το χρήμα και η κοινωνία. Η νέα έκθεση αναπτύσσεται στο δεύτερο όροφο του Ιλίου Μελάθρου.