Ο ναός διέθετε πρόναο και οπισθόδομο, δίστυλους εν παραστάσι. Εξωτερικά περιβαλλόταν από την περίσταση, μια δωρική κιονοστοιχία, με 6 κίονες στις στενές πλευρές και 13 στις μακρές. Ολόκληρο το οικοδόμημα, από την κρηπίδα έως και την οροφή, ήταν κατασκευασμένο από πεντελικό μάρμαρο, ενώ τα αρχιτεκτονικά γλυπτά που το κοσμούσαν ήταν από παριανό μάρμαρο. Στο εσωτερικό του σηκού υπήρχε δίτονη κιονοστοιχία σε σχήμα Π και στο βάθος του υπήρχε βάθρο, επάνω στο οποίο στέκονταν τα ορειχάλκινα λατρευτικά αγάλματα του Ηφαίστου και της Αθηνάς, έργα του γλύπτη Αλκαμένη, σύμφωνα με τον Παυσανία, τα οποία πρέπει να φιλοτεχνήθηκαν ανάμεσα στα έτη 421-415 π.Χ. Ο ναός έφερε πλούσιο γλυπτικό διάκοσμο. Από τα αρχιτεκτονικά γλυπτά ιδιαίτερο ενδιαφέρον παρουσιάζουν οι μετόπες, που κοσμούσαν την ανατολική πλευρά της περίστασης εξωτερικά και παριστάνουν τους εννέα άθλους του Ηρακλή. Σε συνέχεια αυτών, στη βόρεια και στη νότια πλευρά, εικονίζονται από τέσσερις άθλοι του Θησέα, σκηνές από τις οποίες προέκυψε η λαϊκή ονομασία ''Θησείο'' για το ναό. Η ζωφόρος δεν διατρέχει τις τέσσερις πλευρές του σηκού, αλλά μόνο τον πρόναο και τον οπισθόδομο. Στον πρόναο παριστάνεται ο νικηφόρος αγώνας του Θησέα κατά των απαιτητών του θρόνου, των 50 υιών του Πάλλαντα, στον οποίο παρίστανται και έξι θεοί του Ολύμπου. Στον οπισθόδομο, στο πλάτος του σηκού, παριστάνεται η Κενταυρομαχία. Αξιόλογες γλυπτικές παραστάσεις κοσμούσαν, επίσης, και τα αετώματα του ναού. Στο δυτικό παριστανόταν η Κενταυρομαχία και στο ανατολικό η υποδοχή του Ηρακλή στον Όλυμπο ή η γέννηση της Αθηνάς. Ορισμένα από τα γλυπτά αυτά αναγνωρίζονται σε αγάλματα που βρέθηκαν στην περιοχή του ναού, όπως το αποσπασματικά σωζόμενο σύμπλεγμα δύο γυναικείων μορφών, από τις οποίες η μια μεταφέρει στον ώμο της την άλλη, σαν να προσπαθεί να τη σώσει (''Eφεδρισμός'', Μουσείο της Αρχαίας Αγοράς, αρ. ευρ. S 429), και ο κορμός μιας ενδεδυμένης γυναικείας μορφής με έντονο το στοιχείο της κίνησης, που θα μπορούσε να είναι ένα από τα ακρωτήρια του ναού (''Νηρηίδα'', Μουσείο της Αρχαίας Αγοράς, αρ. ευρ. S 182). Κατά τους ελληνιστικούς χρόνους γύρω από το ναό φυτεύθηκαν θάμνοι ή μικρά δένδρα σε παράλληλες σειρές, μέσα σε γλάστρες, οι οποίες ήλθαν στο φως κατά τις ανασκαφές. Τον 7ο αι. μ.Χ. ο ναός μετατράπηκε σε εκκλησία του Αγίου Γεωργίου του Ακάμα και λειτούργησε έτσι έως την απελευθέρωση της Ελλάδας από τους Τούρκους. Κατά το 18ο αιώνα μέσα στο κτήριο ενταφιάσθηκαν πολλοί επιφανείς προτεστάντες, που πέθαναν στην Αθήνα, ενώ το 1834 πραγματοποιήθηκε εδώ η τελετή υποδοχής του βασιλιά Όθωνα. Έκτοτε ο ναός λειτούργησε ως αρχαιολογικό μουσείο, μέχρι την έναρξη των ανασκαφών της Αμερικανικής Σχολής στην Αρχαία Αγορά, το 1930.