Στα ανώτερα άνδηρα της παραλιακής ακρόπολης, έχουν αποκαλυφθεί από τις πολυετείς ανασκαφές του Πανεπιστημίου Ιωαννίνων κτηριακά συγκροτήματα ανακτορικού επιπέδου, προφανώς σχεδιασμένα και ελεγχόμενα από την τοπική Υστερομυκηναϊκή άρχουσα τάξη, ενώ στις πλαγιές εντοπίζονται συνοικίες της κάτω πόλης. Στα κορυφαία συγκροτήματα περιλαμβάνονται: το Κεντρικό Κτήριο (Γ), με εμβαδόν άνω των 750 m2, που ενσωματώνει ένα σύνολο δωματίων και διαδρόμων, δίδυμο επίσημο μέγαρο και μικρό ιερό, και το Ανατολικό Συγκρότημα, πολλαπλών χρήσεων δημοσίου χαρακτήρα, με κύρια πρόσβαση από μία ιδιότυπη πύλη οχυρής μορφής. Ανάμεσά τους αναπτύσσεται το Κτήριο Δ, με αποθηκευτικές, κυρίως, λειτουργίες. Εύρημα εντελώς μοναδικό, με ευρύτερες προεκτάσεις, από την ανασκαφή, είναι ένα χάλκινο έλασμα από φολιδωτή πανοπλία Ανατολικού τύπου, σφραγισμένο με το όνομα (βασιλική δέλτο) του Φαραώ Ραμσή Β΄ (1279-1213 π.Χ.). Λαμβάνοντας υπ’ όψιν την θέση, την έκταση και την λειτουργία της ακρόπολης, σε συνδυασμό με τις μαρτυρίες για τις θαλάσσιες επικοινωνίες και τις εξωτερικές σχέσεις της, η μείζων Μυκηναϊκή οικιστική εγκατάσταση των Κανακίων μπορεί να ταυτισθεί με την “αρχαίαν πόλιν”, δηλαδή την παλαιότερη πρωτεύουσα της νήσου, που αναφέρεται από τον γεωγράφο Στράβωνα (ΙΧ 1.9), αλλά και σε επιγραφή του ύστερου 1ου αι. π.Χ. από την Ακρόπολη των Αθηνών. Πρόκειται για την πρωτεύουσα του ναυτικού βασιλείου της Σαλαμίνος, γνωστού από την επική παράδοση, την έδρα της δυναστείας των Αιακιδών και του Τελαμώνιου Αίαντος, και μητρόπολη της Σαλαμίνος της Κύπρου (με πρώτο οικιστή τον Τεύκρο). Ευρήματα από την Μυκηναϊκή Ακρόπολη στα Κανάκια βρίσκονται στο Αρχαιολογικό Μουσείο Σαλαμίνας.