Στο ισόγειο βρίσκονται τα ιδιαίτερα διαμερίσματα του Μέξη: το γραφείο του, η τραπεζαρία, το δωμάτιο με το χρηματοκιβώτιο. Στον πρώτο όροφο, τα δύο ευρύχωρα δωμάτια που χρησίμευαν ως γυναικωνίτες και οι ξενώνες, και στο δεύτερο ο τυπικός ενιαίος χώρος του σπετσιώτικου σπιτιού, ο "μεγάλος οντάς", με εξαιρετικό ξυλόγλυπτο ταβάνι. Τα αντικείμενα που εκτίθενται στο Μουσείο αντιπροσωπεύουν περισσότερα από 4.000 χρόνια πολιτιστικής ιστορίας του νησιού. Η αρχαιολογική συλλογή πρόσφατα εμπλουτίστηκε με τη γενναιόδωρη προσφορά νομισμάτων και πολυάριθμων ευρημάτων διαφόρων περιόδων, που έχει συγκεντρώσει ο Άδωνις Κύρου από όλα τα σημεία του νησιού αλλά και από άλλες περιοχές. Από περισυλλογή, αλλά και από δωρεές προέρχεται ένας σημαντικός αριθμός εικόνων και διάφορα εκκλησιαστικά είδη. Τα κεραμικά είδη που βρίσκουμε σε άλλη αίθουσα του Μουσείου μας φέρνουν στο νου τα τολμηρά ταξίδια των Σπετσιωτών σε Ανατολή και Δύση στα τέλη του 18ου αι. Η σημαία της Επανάστασης, τα οστά της Μπουμπουλίνας, οι προσωπογραφίες και τα όπλα της ίδιας και άλλων αγωνιστών, ιστορικά έγγραφα, προσωπικά αντικείμενα, εικόνες πλοίων αποτελούν μαρτυρίες της συμβολής του νησιού στον ηρωικό Αγώνα του 1821. Τέλος, πολύτιμα για τον τρόπο ζωής των κατοίκων πριν και μετά την Επανάσταση είναι τα αντικείμενα καθημερινής χρήσης, καθώς και εκείνα της οικιακής και ναυτικής ξυλογλυπτικής (κασέλες, έπιπλα, ακρόπρωρα), οι φορεσιές και τα κεντήματα, που συναντάμε σε διάφορες αίθουσες του Μουσείου.