Οι πρώτοι που ανταποκρίνονται στο κάλεσμα του Ιννοκέντιου είναι οι Κιστερκιανοί μοναχοί, οι οποίοι στη διάρκεια του πρώτου μισού του 13ου αιώνα ίδρυσαν 12 μοναστήρια. Η πρώτη ασφαλής αναφορά στη μονή γίνεται στις 23 Δεκεμβρίου 1236 σε μια επιστολή του Πάπα Γρηγορίου του ΙΧ και στον ηγούμενο του Saraka, Πέτρο. Στην συντριπτική πλειοψηφία των περιπτώσεων οι Κιστερκιανοί μοναχοί, απλά καταλάμβαναν ελληνορθόδοξες μονές και έκαναν επιδιορθώσεις. Η Μονή Ζάρακα όμως κτίστηκε εκ του μηδενός. Όταν το 1261 οι Φράγκοι χάνουν την κυριαρχία τους στην περιοχή, τα καθολικά μοναστήρια στον ελλαδικό χώρο αναγκάζονται να κλείσουν. Μέχρι το 1260 η Μονή εμφανίζεται σποραδικά στους καταλόγους της Γενικής Συνόδου του Κιστερκιανού Τάγματος, ενώ ήταν ανάμεσα στις ελάχιστες που δεν χρειαζόταν να συμμετέχουν στην υποχρεωτική ετήσια Σύνοδο του Τάγματος. Η παρουσία τους απαιτούνταν κάθε επτά χρόνια. Εγκαταλείφθηκε το 1276. Η εκκλησία ανασκάφηκε το 1928 από τον Α. Ορλάνδο και το 1962 από τον Ε. Στίκα. Το 1993 η Αρχαιολογική Υπηρεσία παραχώρησε άδεια ανασκαφών του χώρου στο Καναδικό Αρχαιολογικό Ινστιτούτο. Υπεύθυνη της ανασκαφικής έρευνας, που διήρκησε μέχρι το 1997, ήταν η Καθηγήτρια Dr. Sheila Campbell. Η εκκλησία της μονής είναι βασιλική, τρίκλιτη με υπερυψωμένο το μεσαίο κλίτος, θολοσκεπής από οξυκόρυφα σταυροθόλια. Ο βόρειος εξωτερικός τοίχος ενισχύεται με αντηρίδες, ενώ στη βορειανατολική γωνία της εξοχής του ναού υπάρχει κωδωνοστάσιο. Ο διάκοσμος της εκκλησίας μεταφράζει τη λιτότητα αλλά και την άψογη τεχνοτροπία που χαρακτηρίζει τα ρωμανικά κτίσματα.