Στα ελληνιστικά και ρωμαϊκά χρόνια συνεχίζεται η δραστηριότητα σε αυτό ενώ είναι άγνωστο πότε και γιατί σταμάτησε να λειτουργεί. Σώζονται τέλος ίχνη βυζαντινής κεραμικής. Το ιερό ανασκάφτηκε από του Σουηδούς αρχαιολόγους Samuel Wide και Lennart Kjellberg το 1894 και αποτελεί την πρώτη σουηδική ανασκαφή στον ελλαδικό χώρο. Στη δημοσίευσή της (Athenische Mitteilungen 1895) δόθηκε ιδιαίτερη έμφαση στα αρχιτεκτονικά κατάλοιπα με σκοπό να χρονολογηθούν τα διάφορα κτήρια. Η μυκηναϊκή κεραμική που βρέθηκε, κυρίως μέσα στο ναό, οδήγησε τους Wide και Kjellberg στη σκέψη ότι ίσως η ίδρυση της αμφικτιονίας να τοποθετείται στα χρόνια αυτά. Με την άποψη αυτή διαφώνησαν αρκετοί μετέπειτα ερευνητές. Ένας νέος κύκλος ανασκαφικής έρευνας στο χώρο ξεκίνησε το 1997 από το Σουηδικό Ινστιτούτο Αθηνών με Διευθύντρια την Καθηγήτρια Berit Wells και Υποδιευθυντή τον Arto Penttinen. Δοκιμαστική τομή στα δυτικά του περιβόλου του ναού αποκάλυψε τοίχους ενός οικισμού, οι οποίοι χρονολογήθηκαν στην υστεροελλαδική ΙΙΙ Γ περίοδο. Από το 1999 όμως και έπειτα η έρευνα επικεντρώθηκε στη νότια πλευρά του χώρου και συγκεκριμένα στα κτήρια C και D, με βασικό στόχο να μελετηθεί η καθημερινή ζωή και το περιβάλλον σε ένα ιερό των αρχαίων Ελλήνων. Η διερεύνηση των ήδη ανασκαμμένων αυτών κτηρίων καθίσταται δυνατή καθώς οι Wide και Kjellberg περιορίστηκαν απλά στο να αποκαλύψουν τους τοίχους τους, χωρίς να σκάψουν στο εσωτερικό. Το παλαιότερο αρχιτεκτονικό εύρημα στην περιοχή των κτηρίων C και D είναι προς το παρόν ένας τοίχος του 8ου αι. π.Χ. Τα μέχρι στιγμής στοιχεία και κυρίως ο βωμός ο οποίος ανασκάφτηκε οδηγούν στο να θεωρήσουμε το κτήριο D, η χρήση του οποίου ξεκινά στο τέλος του 4ου αι. π.Χ., λατρευτικό. Το 2003 δυτικά του κτηρίου αυτού βρέθηκε ένα πολύ μεγάλο σύνολο κεραμικής, οστών και περιβαλλοντικών καταλοίπων του πρώτου μισού του 2ου αι. π.Χ., το οποίο αναμένεται να βοηθήσει στην περαιτέρω διερεύνηση των βασικών στόχων του ερευνητικού προγράμματος. Τα αρχαιολογικά κατάλοιπα του ιερού του Ποσειδώνα στην Καλαυρεία Πόρου περιλαμβάνουν στα βορειοανατολικά το ναό του Ποσειδώνα με τον περίβολό του και ένα ανοιχτό χώρο νοτιοδυτικά του ναού που ορίζεται από τέσσερα κτήρια (A, B, C και D). Δυτικά του χώρου αυτού βρίσκονται τα προπύλαια του ιερού (Ε) καθώς και άλλα δύο κτήρια που έχουν ερμηνευτεί ως βουλευτήριο (F) και ασκληπιείο (G). Σήμερα σώζεται μόνο η τάφρος θεμελίωσης του ναού και μόνο τα θεμέλια των υπόλοιπων κτηρίων. Τα σημαντικότερα μνημεία του αρχαιολογικού χώρου είναι ο ναός του Ποσειδώνα, οι στοές της αγοράς και το βουλετήριο και τέλος το λεγόμενο ''ασκληπιείο'' ή ''ηρώο'' του Δημοσθένους η ταύτιση του οποίου δεν είναι βέβαιη μέχρι σήμερα. Τα αρχαιολογικά κατάλοιπα του ιερού του Ποσειδώνα στην Καλαυρεία Πόρου περιλαμβάνουν στα βορειοανατολικά το ναό του Ποσειδώνα με τον περίβολό του και ένα ανοιχτό χώρο νοτιοδυτικά του ναού που ορίζεται από τέσσερα κτήρια (A, B, C και D). Δυτικά του χώρου αυτού βρίσκονται τα προπύλαια του ιερού (Ε) καθώς και άλλα δύο κτήρια που έχουν ερμηνευτεί ως βουλευτήριο (F) και ασκληπιείο (G). Σήμερα σώζεται μόνο η τάφρος θεμελίωσης του ναού και μόνο τα θεμέλια των υπόλοιπων κτηρίων. Τα σημαντικότερα μνημεία του αρχαιολογικού χώρου είναι ο ναός του Ποσειδώνα, οι στοές της αγοράς και το βουλετήριο και τέλος το λεγόμενο ''ασκληπιείο'' ή ''ηρώο'' του Δημοσθένους η ταύτιση του οποίου δεν είναι βέβαιη μέχρι σήμερα.