Η κατασκευή του ξεκίνησε το 1839 και θεωρείται το πιο πετυχημένο έργο της Βασίλισσας Αμαλίας. Είναι ο μοναδικός ιστορικός κήπος της χώρας και ο πρώτος διαμορφωμένος χώρος πρασίνου της Νεότερης Ελλάδας και στα πρώτα χρόνια της ύπαρξης του, αποτελούσε τον κήπο του Παλατιού (σημερινό κτήριο της Βουλής των Ελλήνων). Στον Εθνικό Κήπο συναντά κανείς όλα σχεδόν τα είδη βλάστησης : Δένδρα, αειθαλή και φυλλοβόλα, θάμνους, πολυετή ποώδη φυτά, αναρριχώμενα, παχύφυτα και κάκτους, ετήσια ανθόφυτα, χλοοτάπητες, φυτά εδαφοκάλυψης, κα. Η βλάστηση του Κήπου περιλαμβάνει πολλά τυπικά μεσογειακά είδη, αλλά χαρακτηρίζεται από τη μεγάλη αναλογία ξενικών ειδών. Η Βασίλισσα Αμαλία, κατά τη αρχική διαμόρφωση του Κήπου, χρησιμοποίησε πολλά ξενικά είδη, τα οποία στη συνέχεια καθιερώθηκαν ως σημαντικά φυτά για την ελληνική κηποτεχνία.Ο Κήπος είναι προσβάσιμος από επτά εισόδους. Από την κεντρική είσοδο στη Λεωφόρο Αμαλίας, από τη Λεωφόρο Βασιλίσσης Σοφίας, τρεις εισόδους στην οδό Ηρώδου Αττικού και από ακόμη δύο στην περιοχή του Ζαππείου πάρκου.